技术背景

在前面一篇博客中，我们介绍过在Linux平台下安装和使用免费版本的PyMol。其实同样的这个免费版在Windows平台上（这里以win11为例）也是支持的。

安装流程

这个免费版本的PyMol依赖于Conda，因此首先需要访问conda官网下载一个miniconda到本地进行安装，这部分配置都是通过交互界面完成的。安装结束后，可以在win11系统下打开anaconda专属命令行窗口：

需要注意的是，这里如果打开的是默认的终端窗口，有可能使用不了conda。确认conda命令可用之后，输入如下命令安装PyMol：

$ conda install -c conda-forge pymol-open-source

使用方法

在完成上述安装流程之后，免费版的PyMol会在指定目录下（如\conda\miniconda\Scripts生成一个pymol.bat的脚本文件，如果是收费版的可能会有一个exe可执行文件。虽然是bat文件，但是我们依然可用设置其为默认的打开方式：选中一个pdb文件或者其他需要用pymol来可视化的文件，选择默认打开方式，找到这个bat文件。这样以后在windows系统下双击pdb文件，就会默认使用pymol来打开。

常用指令

这里介绍一些比较简单的有可能用到的pymol指令

设置球体大小

在球模型视图下，可以用指令设置球体大小：

set sphere_scale, 0.1, mol_input

设置球体透明度

在球模型视图下，可以设置球体的透明度：

set sphere_transparency, 0.5, mol_input

设置表面透明度

在表面模型下，可以设置表面的透明度：

set transparency, 0.5, mol_input

计算质心

可以选中一些原子然后计算其质心：

centerofmass sele

或者也可以在pymol中直接使用一个python的指令来计算某一个输入分子的质心：

print (cmd.centerofmass(f'mol_input'))

平移分子

可以输入一个数组，对选定的分子平移指定的长度;

translate [20, 20, 20], mol_input

批量计算脚本

pymol支持一个py脚本文件的输入，例如我们可以用脚本来批量计算多个分子的质心：

import pymol
from pymol import cmd

def main():
    pymol.finish_launching()

    objectlist = ['mol_input_{}'.format(i) for i in range(15)]

    for obj_name in objectlist:
        center = cmd.centerofmass(obj_name)
        print('{},'.format(center))
main()

然后在pymol界面上选择File->Run Script运行该脚本即可。